V novovekých dejinách Tirolského kniežacieho grófstva stáli na čele Habsburgovci, no počas sto rokov to nebol priamo cisár Svätej ríše rímskej.
Najskôr v rokoch 1564 – 1595 bol tirolským grófom Ferdinand II., mladší brat cisára Maximiliána. Predtým pôsobil ako miestodržiteľ v Čechách a Tirolsko mu pripadlo po otcovej smrti na základe závetu, ktorým Ferdinand I. rozdelil dedičné zeme medzi troch bratov.
Potom v období 1602 – 1618 tirolský miestodržiteľ Maximilián III. zastupoval svojich bratov cisára Rudolfa a po ňom cisára Mateja. Vtedy už mal za sebou neúspešný súboj so Žigmundom III. o poľskú korunu.
Neskôr za vlády cisára Ferdinanda II. bol v rokoch 1619 – 1632 tirolským grófom jeho brat Leopold V. Ten si ešte za vlády Rudolfa II. dokonca brúsil zuby na český trón.
Po smrti ho nahradil jeho prvý syn Ferdinand Karol v období 1632 – 1662, pričom do roku 1646 ho ako regentka zastupovala matka. Ferdinand viedol nákladný život a premárnil mnoho majetku.
Nakoniec v krátkom období 1662 – 1665 vládol v Tirolsku jeho mladší brat Žigmund František. Na rozdiel od svojho predchodcu riadil dvor zodpovedne, no zastavila ho predčasná smrť. S ním tirolská línia vymrela a moc sa vrátila priamo do rúk cisára Leopolda I.